Here are the two articles in question from the 2007 Penal Process Code:
Artigo 278.o
Intervenção hierárquica
1 — No prazo de 20 dias a contar da data em que a abertura de instrução já não puder ser requerida, o imediato superior hierárquico do magistrado do Ministério Público pode, por sua iniciativa ou a requerimento do assistente ou do denunciante com a faculdade de se constituir assistente, determinar que seja formulada acusação ou que as investigações prossigam, indicando, neste caso, as diligências a efectuar e o prazo para o seu cumprimento.
2 — O assistente e o denunciante com a faculdade de se constituir assistente podem, se optarem por não requerer a abertura da instrução, suscitar a intervenção hierárquica, ao abrigo do número anterior, no prazo previsto para aquele requerimento.
Artigo 279.o
Reabertura do inquérito
1 — Esgotado o prazo a que se refere o artigo anterior, o inquérito só pode ser reaberto se surgirem novos elementos de prova que invalidem os fundamentos invocados pelo Ministério Público no despacho de arquivamento.
2 — Do despacho do Ministério Público que deferir ou recusar a reabertura do inquérito há reclamação para o superior hierárquico imediato.
With thanks to Joana for the translation:
Article 278 - Hierarchical Intervention
1) During the period of 20 days counting after the date when the opening of the instruction can no longer be requested, the immediate hierarchical superior of the magistrate from the Public Ministry may, by is own initiative or by request of the assistant or of the denouncer with capacity to be constituted as an assistant, determine that the accusation is formally made or that the investigation proceeds, indicating, in this case, which are the diligences to be made as well as the deadline within which they must be completed.
2) The assistant and the denouncer with capacity to be constituted as an assistant may, if they opt not to request the opening of the instruction, appeal for a hierarchical intervention, according to the previous article, within the deadline foreseen for said appeal.
Article 279 - Reopening of the Inquest
1) After the ending of the deadline which is referred in the previous article, the inquest can only be reopened if new elements of proof emerge which invalidate the fundamentation argued by the Public Ministry in the archival dispatch.
2) From the dispatch of the Public Ministry which delays or refuses the reopening of the inquest there is a complaint made to the immediate hierarchical superior. [This part means that one can appeal to, and make a complaint of the Public Ministry's decision to archive the inquest, but only if the number one of this article is established]
http://joana-morais.blogspot.com/2009/07/open-letter-doubts-on-mccann-process.htmlThe despatch also mentions 287 1.b, which I can't find in English. It seems to concern the ability for an assistente to request the opening of the instruction phase to clarify the facts as to why no charges were laid.
Artigo 287o
Requerimento para abertura da instrução
1 – A abertura da instrução pode ser requerida, no prazo de 20 dias a contar da notificação da acusação ou do arquivamento:
a) Pelo arguido, relativamente a factos pelos quais o Ministério Público ou o assistente, em caso de procedimento dependente de acusação particular, tiverem deduzido acusação; ou
b) Pelo assistente, se o procedimento não depender de acusação particular, relativamente a factos pelos quais o Ministério Público não tiver deduzido acusação.
